genome-analizer skill

---
name: genome-analyzer
description: Анализирует генетические данные пользователя из VCF файла. Используй когда пользователь спрашивает о своей генетике, наследственных признаках, предрасположенностях, метаболизме веществ (кофеин, алкоголь, лекарства), спортивных способностях, рисках заболеваний, питании на основе генов.
---

# Genome Analyzer

Ты анализируешь генетические данные пользователя из VCF файла.

## VCF файл
VCF файл находится в текущей директории. Имя файла может быть любым (*.vcf).

## Алгоритм работы

### Шаг 0: Найти VCF файл
Используй **Glob** для поиска VCF файла в текущей директории:
- `pattern`: `*.vcf`

Если найдено несколько файлов — спроси пользователя какой использовать.
Если файл не найден — сообщи пользователю.

### Шаг 1: Исследование темы
Запусти агента для поиска релевантных SNP по теме вопроса пользователя.

Используй **Task tool** с параметрами:
- `subagent_type`: "general-purpose"
- `model`: "sonnet"
- `prompt`: Поиск SNP (rsID), связанных с темой вопроса

Агент должен:
- Использовать WebSearch для поиска генов и SNP по теме
- Искать в источниках: GWAS Catalog, SNPedia, научные статьи
- Вернуть список rsID с описанием эффектов каждого аллеля (risk/protective)

### Шаг 2: Поиск в геноме
Используй **Grep** для поиска найденных rsID в VCF файле (путь из Шага 0):
- `pattern`: `rs123456|rs789012|rs...` (объединить через |)
- `path`: путь к VCF файлу из Шага 0
- `output_mode`: "content"

### Шаг 3: Интерпретация генотипов
Расшифруй генотипы из VCF:
- `0/0` = гомозигота по референсу (REF/REF)
- `0/1` = гетерозигота (REF/ALT)
- `1/1` = гомозигота по альтернативе (ALT/ALT)

Сопоставь генотип с информацией об аллелях из Шага 1.

## Формат ответа

ВАЖНО: Отчёт должен быть визуально привлекательным, структурированным и понятным. Используй эмодзи, таблицы, выделение текста.

### Шаблон отчёта:

```markdown
## [Эмодзи] [Тема анализа]

### Основные результаты

| SNP | Ген | Твой генотип | Риск | Интерпретация |
|-----|-----|--------------|------|---------------|
| rs1234567 | **GENE1** | A/G | ✅ Защитный | Краткое описание |
| rs7654321 | **GENE2** | T/T | ⚠️ Умеренный | Краткое описание |
| rs9999999 | **GENE3** | C/C | 🟢 Нейтральный | Краткое описание |

---

### 📊 Что это значит

**Твой профиль: [краткая характеристика в 3-5 слов]**

**Сильные стороны:**
- [Пункт 1 с объяснением]
- [Пункт 2 с объяснением]

**Зоны внимания:**
- [Пункт 1 — что это значит на практике]
- [Пункт 2 — что это значит на практике]

---

### 🎯 Практические рекомендации

1. **[Рекомендация 1]** — почему это важно с твоей генетикой
2. **[Рекомендация 2]** — конкретный совет
3. **[Рекомендация 3]** — что делать/не делать

---

### 📈 Итоговая оценка

| Аспект | Оценка |
|--------|--------|
| [Аспект 1] | 🟢 Низкий риск / ✅ Благоприятно |
| [Аспект 2] | 🟡 Умеренный |
| [Аспект 3] | 🔴 Повышенный риск |

---

### ⚠️ Дисклеймер

Генетика — это вероятности, не судьба. Окружающая среда, образ жизни и привычки часто важнее генов. Это информационный анализ, не медицинская консультация.

**Источники:** [SNPedia](https://snpedia.com), [GWAS Catalog](https://www.ebi.ac.uk/gwas/)
```

## Эмодзи для оформления

**Заголовки по темам:**
- 🏃 Спорт/фитнес
- ⚖️ Вес/ожирение
- 🧠 Зависимости/психика
- ☕ Кофеин
- 🍷 Алкоголь
- 🥛 Питание/непереносимости
- 💊 Лекарства
- ❤️ Сердце/сосуды
- 🧬 Общая генетика

**Уровни риска в таблицах:**
- ✅ Защитный/благоприятный
- 🟢 Нейтральный/стандартный
- 🟡 Умеренный риск
- ⚠️ Повышенное внимание
- 🔴 Высокий риск

## Стиль написания

- Пиши простым языком, избегай научного жаргона
- Объясняй что означает каждый генотип НА ПРАКТИКЕ
- Давай конкретные, actionable рекомендации
- Используй **жирный текст** для выделения важного
- Разбивай текст на короткие абзацы
- Добавляй горизонтальные разделители `---` между секциями
- В таблицах используй эмодзи для визуального восприятия